Il nome di Prnjavor è di origine greca, deriva dalla parola Pronija che nel sistema amministrativo bizantino significava proprietà secolare ed ecclesiastica. Prnjavor era probabilmente „pronija“ di alcuni dei vicini monasteri ortodossi. A sostegno di questo è anche il fatto che nelle immediate vicinanze di Prnjavor ci sono i monasteri Stuplje, Liplje, Donji Detlak, Osovica.
L’area del comune di Prnjavor era abitata in epoca preistorica, come testimoniano alcune scoperte archeologiche in diversi siti. Le tracce più significative della civiltà preistorica sono state trovate sulla collina Luščić vicino a Banja Kulaši, dove si trovano i resti dell’insediamento dal tempo del Paleolitico, è uno dei siti più importanti del periodo dell’età di pietra nella Bosnia settentrionale, mentre nei villaggi Popovići e Štrpci sono stati trovati reperti che indicano la presenza di un uomo moderno, vale a dire „homo sapiens“. Oltre al periodo preistorico, l’area del comune di Prnjavor ha anche siti che appartengono al periodo del dominio romano e al periodo del Medioevo. Si ritiene che Prnjavor abbia avuto origine nel XVI secolo, anche se la prima traccia scritta dell’insediamento di Prnjavor risale alla fine del XVII secolo e si trova in un rapporto militare austriaco di un autore sconosciuto dal periodo di 1688 – 1699. In esso era scritto che nella zona tra i fiumi Vrbas e Ukrina ci sono, tra gli altri, due insediamenti minori: Prnjavor (Bernjavor) e Lišnja (Lessnia), piccoli mercati, ogni verso 80 case. Prnjavor viene menzionato anche in uno degli scritti del 1725, e c’è una descrizione più dettagliata di Prnjavor del 1780. Nel XIX secolo Prnjavor è molto più comune nelle fonti scritte.
Nella seconda metà del diciannovesimo secolo il luogo sta vivendo un avanzamento speciale con lo sviluppo del commercio e delle famiglie commerciali, che avevano collegato Prnjavor più strettamente con altre aree in Bosnia ed Erzegovina, e oltre. In questo senso sono significative le famiglie Trifković, Stanković, Marković, Jovanović, Ostojić, Bajić e altre. Inoltre, lo sviluppo economico più intenso a Prnjavor si verifica alla fine del XIX secolo quando, secondo la politica dell’Impero austro-ungarico, un gran numero di membri di diverse nazioni si stabilirono in questa zona: italiani, ucraini, cechi, slovacchi, tedeschi, ungheresi, ebrei, zingari e altri popoli. Il censimento della popolazione condotto alla fine del XIX e all’inizio del XX secolo confermò la presenza di 19 diverse nazioni in questa zona, e da quel momento rimase il nome “L’Europa piccola”, che si usa anche oggi per quest’area. Dopo Prnjavor sta vivendo una maggiore urbanizzazione e sviluppo in termini architettonici e costruttivi. Oltre agli edifici sacri di modesta apparenza che esistevano in epoche precedenti, ne vengono costruiti dei nuovi, e vengono costruiti edifici significativi che contribuiranno alla fisionomia del luogo. In questo è particolarmente importante il periodo dal 1896 al 1904, quando a Prnjavor fu costruito un edificio che serviva da quartier generale dei governatori distrettuali nominati dall’impero austro-ungarico, poi l’ospedale, l’hotel “Popović”, le strade allungate e costruiti i marciapiedi, piantata una parte di filare, ed altro. A Prnjavor nel 1842 fu aperta una scuola confessionale serba, e dall’anno scolastico 1886/87. inizia a lavorare la scuola comunale statale, ma dopo la fine della Prima guerra mondiale e la creazione del Regno di serbi, croati e sloveni, a Prnjavor lavorava solo la scuola statale. Nella Prima guerra mondiale Prnjavor fu liberato al giorno di sant’Arcangelo, il 21 novembre 1918, quando l’esercito serbo guidato dal tenente Ratko Blagotić entrò in città. Alla fine della Prima guerra mondiale il distretto di Prnjavor divenne parte del Regno dei Serbi, Croati e Sloveni, e successivamente, con la nuova riorganizzazione territoriale dello stato dal 1929 entra a far parte della „Banovina Vrbas“ e del Regno di Jugoslavia. Questo periodo è caratterizzato da un intenso sviluppo economico e urbano, e Prnjavor, dopo la riforma agraria, è diventato il centro della contea ed il centro amministrativo, culturale ed educativo. Nella Seconda guerra mondiale Prnjavor fu liberato il 10 luglio 1943 dalla Brigata V Kozaračka e dal Drappello di Prnjavor. Dopo la Seconda guerra mondiale, più precisamente nel 1951, come parte della SR BiH, cioè della SFRJ, sulla superficie quasi quella di oggi, si formò il comune di Prnjavor e la città di Prnjavor ebbe la funzione di centro amministrativo municipale.
Negli ultimi sessant’anni sono state sviluppate capacità e infrastrutture economiche significative in quest’area, e il centro comunale assume le caratteristiche dell’insediamento urbano, grazie alle quali in senso funzionale influenzia insediamenti circostanti.
