Назва міста Прнявор – грецького походження і походить від слова πρόνοια, яка у візантійскій адміністративній системі означала мирське і церковне майно. Ймовірно, Прнявор був власністю (πρόνοια) одного з православних монастирів, що розташовані неподалеку. Цей здогад підтверджує той факт, що поблизу Прнявора знаходяться монастирі Ступлє, Ліплє, Доні Детлак, Осовіца.
Муніципальна територія Прнявора була заселена ще у доісторичну епоху, як показують археологічні знахідки у кількох місцевостях. Найвизначніші сліди старовинної цивілізації були віднайдені на пагорбі Лушчічь недалеко від Бані Кулаші, де розташовані залишки поселення з часів палеоліту, які є одним з найважливіших історичних місць з кам’яного періоду у Північній Боснії, а у селах Поповічі і Штрпці знайшли артефакти, що вказують на присутність сучасної людини, тобто гомо сапієнса. Крім доісторичної епохи на муніципальній території Прнявора знаходяться археологічні знахідки, які належать до часів Римської імперії та Середньовіччя.
Вважається, що Прнявор був заснований у 16 столітті, хоча перша письмова згадка про поселення Прнявор походить з кінця 17 століття, і цей запис знаходиться в одному австрійському військовому звіті невідомого автора з періоду 1688 – 1699 рр. У ньому записано, що на території між Врбасом та Укріною знаходяться, між усіма іншими також два малих поселення: Прнявор (Bernjavor) і Лішня (Lessnia), торгові містечка, кожне з них по 80 дворів. Згадку про Прнявор знаходимо також у одному документі з 1725 року, а існує ще детальніший опис Прнявора у тексті з 1780 року. У 19 ст. згадки про Прнявор у письмових документах з’являються дедалі частіше.
Особливого поступу поселення зазнає у другій половині 19 століття, коли розвивається торгівля і купецькі сім’ї, завдяки яким Прнявор налагодив зв’язки з іншими центрами торгівлі у Боснії та Герцеговині і ширше. У цьому відношенні важливими для Прнявора сім’ї Тріфковічь, Станковічь, Марковічь, Йовановічь, Остоїчь, Баїчь та інші. Прнявор переживає більш інтенсивний економічний розвиток в кінці 19 століття, коли сюди згідно з політикою правлячої Австро-Угорщини переселюються численні національні групи: італійці, українці, чехи, словаки, німці, угорці, євреї, роми та інші. Перепис населення проведений кінцем 19 століття і початком 20 століття підтвердив, що на цій території присутні 19 націй, і саме з цього часу залишилася назва «Мала Європа» як і дотепер називають цей край. В цей період Прнявор зазнає урбанізації і архітектурно-будівельного розвитку. Крім скромного вигляду сакральних споруд, які існували віддавна, будуються нові, а також зводяться важливі споруди, які стануть важливим внеском у фізіономію міста. У цьому значенні особливо важливим є період від 1896 до 1904 року, коли у Прняворі з’явилися: будівля, яку використовуватимуть як резиденцію голови району, якого призначала Австро-Угорська імперія, також лікарня, готель «Поповічь», відбулися проширення вулиць та прокладення тротуарів і з’явилися зелені насадження та ін.
У Прняворі в 1842 році була відкрита сербська конфесійна школа, а від 1886/87 навчального року починає діяти державна школа, після закінчення Першої Світової війни та створення Королівства Сербів, Хорватів і Словенців у Прняворі залишилася тільки державна школа.
У Першій Світовій війні Прнявор був звільнений на свято св.Арх.Михаїла 21 листопада 1918 року, коли сербське військо на чолі з лейтенантом Ратком Благотічєм увійшло в місто. Коли закінчилася Перша Світова війна район Прнявор увійшов у Королівство Сербів, Хорватів і Словенців, а пізніше згідно з новою державною територіяльною реорганізацією у 1929 році стає частиною Врбаської бановини і Королівства Югославії. Цей період характерний інтенсивним економічним і урбанним розвитком, а Прнявор після аграрної реформи стає районним центром, а також адміністративним, культурним та освітнім центром.
У Другій Світовій війні Прнявор був звільнений 10 липня 1943 року V Козарецькою бригадою і Прняворським загоном.
Після Другої Світової війни, а точніше 1951 року, як частина СР БіГ, тобто СФРЮ, на території, яка майже уповні відповідає теперішній, формується муніципалітет Прнявор, а місто Прнявор стає муніципальним адміністративним центром. За останні шістдесят років на цій території розвиваються значні економічні можливості та інфраструктура, а центр муніципалітету набирає риси міського поселення, завдяки яким впливає на прилеглі поселення.
